传说在很久以前，有一条大河横贯于此地，在河中曾经出现过一条纹龙，于是人们将这条河取名为蛟河。县名由此而得名。原名额穆取于上名额穆赫索罗。额穆赫索罗是旧时代的军事台站。“额穆赫”本为满语“俄摩贺”的音转，即“水滨”之意。“索罗”系满语“十人之戍所”。

清朝宣统元年（1909年）开始建置设额穆县，隶属吉林省东南路道。民国3年（1914年）隶属吉林省延吉道。1932年，额穆县政府改称额穆县公署，1939年10月改称蛟河县。1989年9月经国务院批准，撤县建市。

　　1945年11月13日，成立蛟河县民主政府，划归吉合区行政委员会吉林地区管辖。12月，成立吉林省政府后，蛟河县划归吉林省永吉地区管辖，蛟河县辖蛟河、乌林、奶子山等12个区，区下辖114个村。

1946年2月，划归吉林省吉东专区管辖。

1947年4月，划归吉林省吉敦专区管辖。9月，改为吉林省直辖县。10月，将永吉县所辖天南、天北两区划归蛟河县管辖。12月，成立天岗特区，辖天南、天北、天岗、江密峰、烧锅区。

1949年8月，将桦甸县横道子区划入蛟河县，天岗特区撤销，将江密锋，烧锅区划归永吉县，成立蛟河县人民政府。

1949年中华人民共和国成立后，仍为省直辖县。

1950年，将各区名重新按序数命名，共分16个区。

1954年9月12日，撤销14个区（保留一三区），划分为42个行政村。

1954年10月，将新站村改设为新站镇。调整后，全县辖2个区，1个镇，41个村。

1955年4月，蛟河县人民政府更名为蛟河县人民委员会。区、镇均改称人民委员会，6月一区改称蛟河镇。7月，撤销松花村。全县40个村改为乡。调整后，全县辖1个矿区（奶子山）、2个镇、40个乡。

1956年，将矿区改为奶子山镇。

1958年8月，将40个乡合并为15个乡。

1958年10月1日，将3个镇、15个乡改称18个作业区。10月23日，将省直辖的蛟河县划归吉林市管辖。

1959年4月，将18个作业区改称18个公社。

1966年1月10日，成立永吉专区，将吉林市管辖的蛟河县划归永吉专区管辖。

1967年3月5日，蛟河县委、县人委停止工作，由县武装部成立县生产指挥部，行使政府职权。同月，18个公社先后成立生产指挥小组。

1968年2月，撤销蛟河县人民委员会，成立蛟河县革命委员会。此后，18个公社生产指挥小组相继成立公社革命委员会。

1969年2月23日，撤销永吉专区，蛟河县改为吉林市辖县。

1979年3月，改蛟河、奶子山镇公社为蛟河镇、奶子山镇革命委员会。新站公社析出新站镇革命委员会，增设镇郊公社。至此全县共有20个社、镇。

1980年10月，撤销蛟河县革命委员会，成立蛟河县人民政府。12月，蛟河县辖3个镇，17个公社；242个生产大队、1 454个生产小队。

　　1983年7月，政社分开，全县辖3个镇、16个乡、1个镇郊公社。同年，横道子公社改称漂河乡。

1984年2月，镇郊公社并入蛟河镇。同年12月，将天岗、白石山、漂河3个乡改为天岗、白石山、漂河3个镇。

1985年3月，新站乡并入新站镇。至此，全县辖6个镇、12个乡。

1987年1日16日，经吉林省人民政府批准，撤销蛟河县黄松甸乡。设立黄松甸镇。

1988年9月16日，经吉林省人民政府批准，撤销蛟河县奶子山镇，将其管辖区域并入蛟河镇。

1989年9月28日，吉林省人民政府通知：经国务院批准，同意撤销蛟河县。设立蛟河市（县级），由省直辖，蛟河市设立后，暂由吉林市代管。

1989年12月23日，经吉林省人民政府批准，撤销蛟河市的蛟河镇，设立民主、长安、河南、中岗、奶子山五个街道办事处。

1992年11月21日，经吉林省人民政府批准，撤销蛟河市松江、天北、拉法等乡，设立松江、天北、拉法镇。

1995年12月，蛟河市辖5个街道办事处、8个镇、8个乡；129个居民委员会、258个村民委员会。

1997年10月29日，经吉林省人民政府批准，将蛟河市池水乡的团结村、德河沟村、拉法镇的新民村、先锋村、新农乡的西荒地村、新屯村划入蛟河城区；同时，对蛟河市各街道办事处所辖的村进行调整。

1998年3月12日，经吉林省政府批准，撤销蛟河市天南乡，设立庆岭镇。

2000年，蛟河市辖5个街道、9个镇、6个乡。根据第五次人口普查数据：全市总人口474109人，其中各乡镇人口（人）： 民主街道 35272 长安街道 45464 河南街道 14643 中岗街道 30231 奶子山街道 17026 新站镇 39629 天岗镇 32139 白石山镇 43680 漂河镇 21879 黄松甸镇 22492 拉法镇 22767 天北镇 24728 松江镇 21954 庆岭镇 18853 乌林乡 11771 南岗子乡 12697 前进乡 13741 池水乡 12249 青背乡 15565 新农乡 17329　

2001年7月13日，经吉林省人民政府批准，撤销蛟河市龙凤乡，将其所辖行政区域划归新站镇管辖。乡镇合并后，镇政府驻地不变。

2002年，蛟河市辖5个街道办事处、9个镇、6个乡。总人口46．7万人，其中非农业人口为17万人。有朝鲜、满、回、蒙古、锡伯、壮、土家等18个少数民族，人口约4万余人。

2003年，蛟河市辖：河南街道、奶子山街道、中岗街道、民主街道、长安街道、新站镇、天岗镇、白石山镇、漂河镇、黄松甸镇、拉法镇、天北镇、松江镇、庆岭镇、南岗子乡、前进乡、池水乡、青背乡、新农乡、乌林朝鲜族乡。

2005年，经吉林市人民政府同意，吉林省人民政府批准，蛟河市决定撤销池水乡，设立河北街。撤乡设街后，将原河南街的团结村和新立屯并入河北街，原河南街新胜村的仁和社、姜家崴子汉族社并入团结村，原河南街先锋村的河北社和姜家崴子朝鲜族社并入新立屯。调整后的河北街辖两个村，幅员面积13.46平方千米，总人口5260人，其中非农人口640人。原河南街小八家子村划归长安街，原奶子山街的新立、安乐等7个村并入河南街，原池水乡的8个村全部并入河南街。调整后的河南街辖26个村，幅员面积315.4平方千米，总人口31171人，非农人口2348人。长安街、奶子山街所辖村也做了相应调整。

2006年，设立新农街道、拉法街道。

2006年蛟河建立新区，2007年矿山等地搬迁至新区。

2010年棚户区建立完毕，矿山等地剩余居民搬至棚户区。

2014年 蛟河建设蓝湾国际品牌小区 枫林湾洋房小区等新楼盘